بعد أن يتم الاعتماد وتوقيع العقد بين الباحث الرئيسي أو مشرف الدراسة العلمية يتم الأتي :

-         فتح الاعتماد المستندي باسم الباحث الرئيسي.

-         يتم تحويل نسبة مئوية من المرحلة الأولى وهي لبداية البحث أو الدراسة العلمية (لشراء مثلاً جهاز حاسوب- جهاز واي ماكس – قرطاسية – لدفع بعض التكاليف البسيطة والسريعة لتنفيذ البحث وفق المطلوب للنموذج البحثي).

-         يتم تقديم طلب لاقتناء أية أجهزة أو معدات أو أية مستلزمات أو شراء خدمة لرئيس لجنة المتابعة المخصص للمشروع المعتمد وإرفاق الفواتير المبدئية والتي يجب أن تحال للهيئة للصرف أو المساعدة اللازمة لتوفيرها على وجه السرعة وفي حدود قيمة الاعتماد المفتوح.

وفي حالة الاستيراد من الخارج يتم تحديد جهة الاستيراد أو يمكن تقديم الموصفات بدقة لإدارة الشؤون الفنية للمساعدة وتحديد الجهات المحظورة وإجراءات الشحن والاستلام النهائي وطلب شهادة المنشأ وإتمام إجراءات المخازن وتتبع الدورة المستندية.

-         يتم إصدار تكليف للمصرف بالدفع للجهة التي وقع الاختيار عليها سواء محلية أو خارجية أو شراء خدمة.

-         في حالة المشاركة في مؤتمر أو ندوة علمية داخلية وخارجية يتم تقديم طلب للجنة المتابعة الذي تحيله إلى أمين الهيئة لتمكين المعني أو من تم ترشيحه للحضور داخلياً أو خارجياً.

-         في حالة دفع الأتعاب والمكافآت يقوم مشرف المشروع بتقديم قائمة بالأسماء مع عدد الساعات لكل منهم وسوف يتم معاملتهم وفق قرار أمين الهيئة ويصدر تخويل بذلك.

-         عند الانتهاء من البحث أو الدراسة يتم أخذ الموافقة لتشر النتائج من الهيئة وفي مجلة علمية عالمية تتبناها الهيئة وتكافئ الناشر الرئيسي بمبلغ 1000 إلى 3000د.ل من ألف إلى ثلاثة ألاف دينار ليبي حسب قوة المجلة الفعلية وتسدد أية مصاريف أخرى يتفق عليها.